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蛋白层析系统（蛋白纯化系统）主要用于分子生物，能够开展各种常用的纯化技术，如亲和层析、离子交换层析、脱盐和缓冲液交换，以及凝胶过滤。因此，这一系统可支持各种蛋白的纯化，包括标签蛋白、抗体、无标签的或天然蛋白，以及样品纯化。
分子筛（凝胶过滤层析）蛋白纯化系统的应用领域
分子筛层析也并非一无是处，其应用领域主要包括以下方面：
1）脱盐：
高分子（如蛋白质、核酸、多糖等）溶液中的低分子量杂质，可以用分子筛层析除去，这一操作称为脱盐。本法脱盐操作简便、快速，蛋白质和酶类等在脱盐过程中不易失活，样品体积可达柱床体积的25%-30%，为了防止蛋白质脱盐后溶解度降低会形成沉淀吸附于柱上，一般用醋酸铵等挥发性盐类缓冲液使层析柱平衡，然后加入样品，再用同样缓冲液洗脱，收集的洗脱液用冷冻干燥法除去挥发性盐类。
2）分离提纯：
分子筛层析已广泛用于酶、蛋白质、氨基酸、多糖、激素、生物碱等物质的分离提纯。
3）测定高分子物质的分子量：
用一系列已知分子量的标准品放入同一凝胶柱内，在同一条件下层析，记录每一分钟成分的洗脱体积，并以洗脱体积对分子量的对数作图，在一定分子量范围内可得一直线，即分子量的标准曲线。测定未知物质的分子量时，可将此样品加在测定了标准曲线的凝胶柱内洗脱后，根据物质的洗脱体积，在标准曲线上查出它的分子量。
4）高分子溶液的浓缩：
通常将Sephadex G-25或50干胶投入到稀的高分子溶液中，这时水分和低分子量的物质就会进入凝胶粒子内部的孔隙中，而高分子物质则排阻在凝胶颗粒之外，再经离心或过滤，将溶胀的凝胶分离出去，就得到了浓缩的高分子溶液。
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